Taxonomie

taxonomie.php

Ce fichier contient les constantes et les fonctions de l'API du plugin Taxonomie non utilisées dans les squelettes.

Constants

_EXTRAIRE_MULTI = '@<multi>(.*?)</multi>@sS': Restaure cette constante à partir de SPIP 4.2.
_TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES = 'fr:en:es:pt:de:it': Liste des langues utilisables pour les noms communs et les textes des taxons.
_TAXONOMIE_RANG_ESPECE = 'species': Nom anglais du rang principal `espèce`.
_TAXONOMIE_RANG_GENRE = 'genus': Nom anglais du rang principal `genre`.
_TAXONOMIE_RANG_REGNE = 'kingdom': Nom anglais du rang principal `règne`.
_TAXONOMIE_RANGS = ['kingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subkingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infrakingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superdivision'], 'phylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'division'], 'subphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subdivision'], 'infraphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infradivision'], 'superdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superphylum'], 'division' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'phylum'], 'subdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subphylum'], 'infradivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infraphylum'], 'superclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'class' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'order' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'suborder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'section' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subsection' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'family' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'tribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subtribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'genus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subgenus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'species' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subspecies' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'variety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subvariety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'form' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subform' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'race' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => 'variety'], 'stirp' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'morph' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'aberration' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'unspecified' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => '']]: Liste des règnes utilisés par Taxonomie TODO : vérifier les rangs stirp, morph, aberration, unspecified.
_TAXONOMIE_REGNES = ['animalia', 'plantae', 'fungi']: Liste des règnes utilisés par Taxonomie.
_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE = 'intercalaire': Type de rang selon la nomenclature taxonomique.
_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL = 'principal': Type de rang selon la nomenclature taxonomique.
_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE = 'secondaire': Type de rang selon la nomenclature taxonomique.

Functions

regne_charger() : bool: Charge tous les taxons d'un règne donné fourni dans le fichier ITIS, du règne lui-même jusqu'aux taxons de genre.
regne_vider() : bool: Supprime de la base de données tous les taxons importés à partir du rapport hiérarchique d'un règne donné.
regne_existe() : bool: Retourne l'existence ou pas d'un règne en base de données.
regne_lister_defaut() : array<string|int, mixed>: Renvoie la liste des règnes supportés par le plugin.
rang_informer_type() : string: Renvoie le type de rang principal, secondaire ou intercalaire.
rang_est_espece() : bool: Détermine si un rang est celui d'une espèce ou d'un taxon de rang inférieur.
taxon_preserver() : array<string|int, mixed>: Extrait, de la table `spip_taxons`, la liste des taxons non espèce d'un règne donné - importés via un fichier ITIS - ayant fait l'objet d'une modification manuelle et la liste des taxons non espèce créés lors de l'ajout d'une espèce et donc non importés avec le fichier ITIS.
taxon_merger_traductions() : string: Fusionne les traductions d'une balise `<multi>` avec celles d'une autre balise `<multi>`.
taxon_traduire_champ() : string: Traduit un champ de la table `spip_taxons` dans la langue du site.
taxon_lister_services() : array<string|int, mixed>: Renvoie la liste des services de taxonomie utilisés par le plugin en tenant compte de la configuration choisi par le webmestre.

_EXTRAIRE_MULTI

Restaure cette constante à partir de SPIP 4.2.


    public
        mixed
    _EXTRAIRE_MULTI
    = '@<multi>(.*?)</multi>@sS'

_TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES

Liste des langues utilisables pour les noms communs et les textes des taxons.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES
    = 'fr:en:es:pt:de:it'

_TAXONOMIE_RANG_ESPECE

Nom anglais du rang principal `espèce`.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANG_ESPECE
    = 'species'

_TAXONOMIE_RANG_GENRE

Nom anglais du rang principal `genre`.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANG_GENRE
    = 'genus'

_TAXONOMIE_RANG_REGNE

Nom anglais du rang principal `règne`.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANG_REGNE
    = 'kingdom'

_TAXONOMIE_RANGS

Liste des règnes utilisés par Taxonomie TODO : vérifier les rangs stirp, morph, aberration, unspecified.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANGS
    = ['kingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subkingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infrakingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superdivision'], 'phylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'division'], 'subphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subdivision'], 'infraphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infradivision'], 'superdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superphylum'], 'division' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'phylum'], 'subdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subphylum'], 'infradivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infraphylum'], 'superclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'class' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'order' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'suborder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'section' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subsection' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'family' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'tribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subtribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'genus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subgenus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'species' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subspecies' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'variety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subvariety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'form' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subform' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'race' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => 'variety'], 'stirp' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'morph' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'aberration' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'unspecified' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => '']]

TODO : vérifier pourquoi le rang serie n'est pas dans la liste de ITIS.

_TAXONOMIE_REGNES

Liste des règnes utilisés par Taxonomie.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_REGNES
    = ['animalia', 'plantae', 'fungi']

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE

Type de rang selon la nomenclature taxonomique.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE
    = 'intercalaire'

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL

Type de rang selon la nomenclature taxonomique.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL
    = 'principal'

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE

Type de rang selon la nomenclature taxonomique.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE
    = 'secondaire'

regne_charger()

Charge tous les taxons d'un règne donné fourni dans le fichier ITIS, du règne lui-même jusqu'aux taxons de genre.


    
                    regne_charger(string $regne[, null|array<string|int, mixed> $codes_langue = [] ]) : bool

Les nom communs anglais, français, espagnols, etc, peuvent aussi être chargés en complément mais ne couvrent pas l'ensemble des taxons. Le modifications effectuées manuellement sur ces taxons sont conservées.

Parameters

$regne : string: Nom scientifique du règne en lettres minuscules : animalia, plantae, fungi.
$codes_langue : null|array<string|int, mixed> = []: Tableau des codes des langues (au sens SPIP) à charger pour les noms communs des taxons.

Return values

bool —

true si le chargement a réussi, false sinon

regne_vider()

Supprime de la base de données tous les taxons importés à partir du rapport hiérarchique d'un règne donné.


    
                    regne_vider(string $regne) : bool

La meta concernant les informations de chargement du règne est aussi effacée. Les modifications manuelles effectuées sur ces taxons sont effacées : elles doivent donc être préservées au préalable.

Parameters

$regne : string: Nom scientifique du règne en lettres minuscules : animalia, plantae, fungi.

Return values

bool —

true si le vidage a réussi, false sinon

regne_existe()

Retourne l'existence ou pas d'un règne en base de données.


    
                    regne_existe(string $regne[, null|array<string|int, mixed> &$meta_regne = [] ]) : bool

La fonction scrute les taxons importés de la table spip_taxons et non la meta propre au règne.

Parameters

$regne : string: Nom scientifique du règne en lettres minuscules : animalia, plantae, fungi.
$meta_regne : null|array<string|int, mixed> = []: Meta propre au règne, créée lors du chargement de celui-ci et retournée si le règne existe.

Return values

bool —

true si le règne existe, false sinon.

regne_lister_defaut()

Renvoie la liste des règnes supportés par le plugin.


    
                    regne_lister_defaut() : array<string|int, mixed>

Return values

array<string|int, mixed> —

Liste des noms scientifiques en minuscules des règnes supportés.

rang_informer_type()

Renvoie le type de rang principal, secondaire ou intercalaire.


    
                    rang_informer_type(string $rang) : string

Parameters

$rang : string: Nom anglais du rang en minuscules.

Return values

string —

principal, secondaire ou intercalaire si le rang est valide, chaine vide sinon.

rang_est_espece()

Détermine si un rang est celui d'une espèce ou d'un taxon de rang inférieur.


    
                    rang_est_espece(string $rang) : bool

Parameters

$rang : string: Nom anglais du rang en minuscules.

Return values

bool —

true si le rang est celui d'une espèce ou d'un taxon de rang inférieur, false sinon.

taxon_preserver()

Extrait, de la table `spip_taxons`, la liste des taxons non espèce d'un règne donné - importés via un fichier ITIS - ayant fait l'objet d'une modification manuelle et la liste des taxons non espèce créés lors de l'ajout d'une espèce et donc non importés avec le fichier ITIS.


    
                    taxon_preserver(string $regne) : array<string|int, mixed>

Parameters

$regne : string: Nom scientifique du règne en lettres minuscules : animalia, plantae, fungi.

Return values

array<string|int, mixed> —

Liste des taxons modifiées manuellement et créés suite à l'ajout d'une espèce. Chaque élément de la liste est un tableau composé, pour les taxons modifiés manuellement des index tsn, nom_commun, descriptif et pour les taxons créés via une espèce de tous les champs de l'objet taxon, à l'exception de l'id (id_taxon) et de la date de mise à jour (maj).

taxon_merger_traductions()

Fusionne les traductions d'une balise `<multi>` avec celles d'une autre balise `<multi>`.


    
                    taxon_merger_traductions(string $multi_prioritaire, string $multi_non_prioritaire) : string

L'une des balise est considérée comme prioritaire ce qui permet de régler le cas où la même langue est présente dans les deux balises. Si on ne trouve pas de balise <multi> dans l'un ou l'autre des paramètres, on considère que le texte est tout même formaté de la façon suivante : texte0[langue1]texte1[langue2]texte2...

Parameters

$multi_prioritaire : string: Balise multi considérée comme prioritaire en cas de conflit sur une langue.
$multi_non_prioritaire : string: Balise multi considérée comme non prioritaire en cas de conflit sur une langue.

Return values

string —

La chaine construite est toujours une balise <multi> complète ou une chaine vide sinon.

taxon_traduire_champ()

Traduit un champ de la table `spip_taxons` dans la langue du site.


    
                    taxon_traduire_champ(string $champ) : string

Parameters

$champ : string: Nom du champ dans la base de données.

Return values

string —

Traduction du champ dans la langue du site.

taxon_lister_services()

Renvoie la liste des services de taxonomie utilisés par le plugin en tenant compte de la configuration choisi par le webmestre.


    
                    taxon_lister_services() : array<string|int, mixed>

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau des services utilisés sous la forme [alias] = titre du service.

taxonomie.php

Table of Contents

Constants

Functions

Constants

_EXTRAIRE_MULTI

_TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES

_TAXONOMIE_RANG_ESPECE

_TAXONOMIE_RANG_GENRE

_TAXONOMIE_RANG_REGNE

_TAXONOMIE_RANGS

_TAXONOMIE_REGNES

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE

Functions

regne_charger()

Parameters

Tags

Return values

regne_vider()

Parameters

Tags

Return values

regne_existe()

Parameters

Tags

Return values

regne_lister_defaut()

Return values

rang_informer_type()

Parameters

Return values

rang_est_espece()

Parameters

Tags

Return values

taxon_preserver()

Parameters

Tags

Return values

taxon_merger_traductions()

Parameters

Tags

Return values

taxon_traduire_champ()

Parameters

Return values

taxon_lister_services()

Tags

Return values