Taxonomie

Application

Constants

_EXTRAIRE_MULTI = '@<multi>(.*?)</multi>@sS': Restaure cette constante à partir de SPIP 4.2.
_TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES = 'fr:en:es:pt:de:it': Liste des langues utilisables pour les noms communs et les textes des taxons.
_TAXONOMIE_RANG_ESPECE = 'species': Nom anglais du rang principal `espèce`.
_TAXONOMIE_RANG_GENRE = 'genus': Nom anglais du rang principal `genre`.
_TAXONOMIE_RANG_REGNE = 'kingdom': Nom anglais du rang principal `règne`.
_TAXONOMIE_RANGS = ['kingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subkingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infrakingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superdivision'], 'phylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'division'], 'subphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subdivision'], 'infraphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infradivision'], 'superdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superphylum'], 'division' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'phylum'], 'subdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subphylum'], 'infradivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infraphylum'], 'superclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'class' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'order' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'suborder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'section' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subsection' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'family' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'tribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subtribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'genus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subgenus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'species' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subspecies' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'variety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subvariety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'form' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subform' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'race' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => 'variety'], 'stirp' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'morph' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'aberration' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'unspecified' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => '']]: Liste des règnes utilisés par Taxonomie TODO : vérifier les rangs stirp, morph, aberration, unspecified.
_TAXONOMIE_REGNES = ['animalia', 'plantae', 'fungi']: Liste des règnes utilisés par Taxonomie.
_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE = 'intercalaire': Type de rang selon la nomenclature taxonomique.
_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL = 'principal': Type de rang selon la nomenclature taxonomique.
_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE = 'secondaire': Type de rang selon la nomenclature taxonomique.

Functions

action_taxon_evaluer_iucn_dist() : void: Cette action permet de mettre à jour les champs statut_iucn et evaluation_iucn qui fournissent le détail de l'état de conservation de l'espèce.
taxonomie_cache_configurer() : array<string|int, mixed>: Renvoie la configuration spécifique des types de cache de Taxonomie.
taxonomie_apirest_cache_completer() : array<string|int, mixed>: Complète la description canonique d'un cache de type `apirest`.
taxonomie_apirest_cache_formulaire_charger() : array<string|int, mixed>: Effectue le chargement du formulaire de vidage des caches pour le plugin Taxonomie.
taxonomie_ieconfig() : array<string|int, mixed>: Pipeline ieconfig pour l'import/export des données de configuration du plugin et de certaines données de production.
taxonomie_ieconfig_exporter() : array<string|int, mixed>: Retourne le tableau d'export du plugin Taxonomie contenant toujours sa configuration et les taxons nécessitant d'être sauvegardés car non créés via les fichiers ITIS.
taxonomie_ieconfig_importer() : bool: Importe tout ou partie d'un fichier d'export ieconfig contenant les données du noiZetier.
taxonomie_importer_taxons() : void: Importe les taxons dans la base de données à partir d'une sauvegarde ieconfig.

_EXTRAIRE_MULTI

Restaure cette constante à partir de SPIP 4.2.


    public
        mixed
    _EXTRAIRE_MULTI
    = '@<multi>(.*?)</multi>@sS'

_TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES

Liste des langues utilisables pour les noms communs et les textes des taxons.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES
    = 'fr:en:es:pt:de:it'

_TAXONOMIE_RANG_ESPECE

Nom anglais du rang principal `espèce`.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANG_ESPECE
    = 'species'

_TAXONOMIE_RANG_GENRE

Nom anglais du rang principal `genre`.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANG_GENRE
    = 'genus'

_TAXONOMIE_RANG_REGNE

Nom anglais du rang principal `règne`.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANG_REGNE
    = 'kingdom'

_TAXONOMIE_RANGS

Liste des règnes utilisés par Taxonomie TODO : vérifier les rangs stirp, morph, aberration, unspecified.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_RANGS
    = ['kingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subkingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infrakingdom' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superdivision'], 'phylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'division'], 'subphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subdivision'], 'infraphylum' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infradivision'], 'superdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'superphylum'], 'division' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'phylum'], 'subdivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'subphylum'], 'infradivision' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => 'infraphylum'], 'superclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'class' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraclass' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'order' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'suborder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'infraorder' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'section' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subsection' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'superfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'family' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subfamily' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'tribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subtribe' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'genus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'subgenus' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \false, 'synonyme' => ''], 'species' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subspecies' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'variety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subvariety' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'form' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'subform' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'race' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => 'variety'], 'stirp' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'morph' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'aberration' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => ''], 'unspecified' => ['type' => \_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE, 'est_espece' => \true, 'synonyme' => '']]

TODO : vérifier pourquoi le rang serie n'est pas dans la liste de ITIS.

_TAXONOMIE_REGNES

Liste des règnes utilisés par Taxonomie.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_REGNES
    = ['animalia', 'plantae', 'fungi']

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE

Type de rang selon la nomenclature taxonomique.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE
    = 'intercalaire'

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL

Type de rang selon la nomenclature taxonomique.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL
    = 'principal'

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE

Type de rang selon la nomenclature taxonomique.


    public
        mixed
    _TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE
    = 'secondaire'

action_taxon_evaluer_iucn_dist()

Cette action permet de mettre à jour les champs statut_iucn et evaluation_iucn qui fournissent le détail de l'état de conservation de l'espèce.


    
                    action_taxon_evaluer_iucn_dist() : void

Cette action est réservée aux utilisateurs ayant l'autorisation de modifier un taxon. Elle nécessite un argument, l'id du taxon.

taxonomie_cache_configurer()

Renvoie la configuration spécifique des types de cache de Taxonomie.


    
                    taxonomie_cache_configurer(string $plugin) : array<string|int, mixed>

Parameters

$plugin : string: Identifiant qui permet de distinguer le module appelant qui peut-être un plugin comme le noiZetier ou un script. Pour un plugin, le plus pertinent est d'utiliser le préfixe.

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau de la configuration brute des caches du plugin Taxonomie.

taxonomie_apirest_cache_completer()

Complète la description canonique d'un cache de type `apirest`.


    
                    taxonomie_apirest_cache_completer(string $plugin, array<string|int, mixed> $cache, string $fichier_cache, array<string|int, mixed> $configuration) : array<string|int, mixed>

Le plugin Taxonomie rajoute le nom scientifique du taxon.

Parameters

$plugin : string: Identifiant qui permet de distinguer le module appelant qui peut-être un plugin comme le noiZetier ou un script. Pour un plugin, le plus pertinent est d'utiliser le préfixe.
$cache : array<string|int, mixed>: Tableau identifiant le cache pour lequel on veut construire le nom.
$fichier_cache : string: Fichier cache désigné par son chemin complet.
$configuration : array<string|int, mixed>: Configuration complète des caches du plugin utilisateur lue à partir de la meta de stockage.

Return values

array<string|int, mixed> —

Description du cache complétée par un ensemble de données propres au plugin.

taxonomie_apirest_cache_formulaire_charger()

Effectue le chargement du formulaire de vidage des caches pour le plugin Taxonomie.


    
                    taxonomie_apirest_cache_formulaire_charger(string $plugin, array<string|int, mixed> $valeurs, array<string|int, mixed> $options, array<string|int, mixed> $configuration) : array<string|int, mixed>

L'intérêt est de permette le rangement des caches par service.

Parameters

$plugin : string: Identifiant qui permet de distinguer le module appelant qui peut-être un plugin comme le noiZetier ou un script. Pour un plugin, le plus pertinent est d'utiliser le préfixe.
$valeurs : array<string|int, mixed>: Tableau des valeurs du formulaire à compléter
$options : array<string|int, mixed>: Tableau d'options (non utilisé par défaut)
$configuration : array<string|int, mixed>: Configuration complète des caches du plugin utilisateur lue à partir de la meta de stockage.

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau des valeurs spécifique au plugin taxonomie.

taxonomie_ieconfig()

Pipeline ieconfig pour l'import/export des données de configuration du plugin et de certaines données de production.


    
                    taxonomie_ieconfig(array<string|int, mixed> $flux) : array<string|int, mixed>

Parameters

$flux : array<string|int, mixed>

Return values

array<string|int, mixed>

taxonomie_ieconfig_exporter()

Retourne le tableau d'export du plugin Taxonomie contenant toujours sa configuration et les taxons nécessitant d'être sauvegardés car non créés via les fichiers ITIS.


    
                    taxonomie_ieconfig_exporter() : array<string|int, mixed>

Les taxons concernés sont :

les taxons du règne au genre, importés via les fichiers ITIS puis édités manuellement;
les taxons ascendants d'une espèce (entre le genre et l'espèce non compris), non inclus dans un fichier ITIS et insérés lors de la création d'une espèce;
les taxons de type espèce et descendants créés manuellement.

Return values

array<string|int, mixed> —

Tableau d'export pour le pipeline ieconfig_exporter.

taxonomie_ieconfig_importer()

Importe tout ou partie d'un fichier d'export ieconfig contenant les données du noiZetier.


    
                    taxonomie_ieconfig_importer(array<string|int, mixed> $importation, array<string|int, mixed> $contenu_import) : bool

Parameters

$importation : array<string|int, mixed>

Tableau associatif des demandes d'importation issues du formulaire ieconfig. Les index et les valeurs possibles sont :

configuration : vaut on pour importer ou null sinon
pages_explicites : vaut on pour importer ou null sinon
compositions_virtuelles : vaut remplacer, ajouter ou fusionner pour importer ou null sinon.
noisettes : vaut remplacer ou ajouter pour importer ou null sinon.

$contenu_import : array<string|int, mixed>

Tableau des données du noiZetier issues du fichier d'import.

Return values

bool —

true si l'importation s'est bien passée, false sinon.

taxonomie_importer_taxons()

Importe les taxons dans la base de données à partir d'une sauvegarde ieconfig.


    
                    taxonomie_importer_taxons(array<string|int, mixed> $taxons, string $action[, null|bool $taxons_edites = false ]) : void

Parameters

$taxons : array<string|int, mixed>: Liste des taxons à importer
$action : string: Action d'importation : fusionner ou ajouter
$taxons_edites : null|bool = false: Indique si il faut traiter les taxons édités

SPIP Code

Taxonomie

Application

Table of Contents

Constants

Functions

Constants

_EXTRAIRE_MULTI

_TAXONOMIE_LANGUES_POSSIBLES

_TAXONOMIE_RANG_ESPECE

_TAXONOMIE_RANG_GENRE

_TAXONOMIE_RANG_REGNE

_TAXONOMIE_RANGS

_TAXONOMIE_REGNES

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_INTERCALAIRE

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_PRINCIPAL

_TAXONOMIE_TYPE_RANG_SECONDAIRE

Functions

action_taxon_evaluer_iucn_dist()

taxonomie_cache_configurer()

Parameters

Return values

taxonomie_apirest_cache_completer()

Parameters

Return values

taxonomie_apirest_cache_formulaire_charger()

Parameters

Tags

Return values

taxonomie_ieconfig()

Parameters

Return values

taxonomie_ieconfig_exporter()

Return values

taxonomie_ieconfig_importer()

Parameters

Return values

taxonomie_importer_taxons()

Parameters

Search results